林芳正官房長官は29日の記者会見で、自衛隊と在日米軍の指揮・統制枠組み向上に向けて在日米軍を「統合軍司令部」として再構成する日米両政府合意を巡り、自衛隊と米軍の一体化につながるとの見方を否定した。「自衛隊の全ての活動はわが国の主体的な判断で行われる。それぞれ独立した指揮系統に従って行動することに何ら変更はない」と述べた。
統合軍司令部への再編は28日の外務・防衛担当閣僚による安全保障協議委員会（2プラス2）で確認した。陸海空3自衛隊を一元的に指揮するため2024年度末に発足する「統合作戦司令部」に対応する組織となる。