6月3日午前6時31分ごろ、石川県能登地方を震源とする地震があり、新潟県内では、上越市や長岡市、柏崎市などで震度4を観測した。珠洲市などで若干の海面変動を観測したが、津波被害はなかった。東京電力によると、3日午前7時現在、新潟県の柏崎刈羽原発に異常は確認されていないという。
石川県珠洲市などで最大震度5強を観測した。気象庁によると、震源の深さは約14キロ、地震の規模はマグニチュード（M）6.0と推定される。
新潟県内各地の震度は次の通り。
震度4 上越市、長岡市、柏崎市、刈羽村、十日町市
震度3 新潟市、湯沢町、出雲崎町、阿賀町、南魚沼市、魚沼市、佐渡市、五泉市、妙高市、糸魚川市、燕市、見附市、加茂市、小千谷市、三条市
また、6月3日午前6時40分ごろにも能登半島沖を震源とする地震があり、新潟県内では上越市や長岡市、糸魚川市などで震度2を観測した。気象庁によると、震源の深さは約10キロ、地震の規模はマグニチュード（M）4.8と推定される。
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