Amazon.co.jpでは、2024年11月12日より、メルペイの決済に対応した。
Amazon.co.jpの支払時に、メルペイのアカウントを設定するとAmazon.co.jpでメルペイでの支払いが可能になる。メルペイ残高またはポイント、メルペイのあと払いで支払いができる。
Amazon.co.jpでメルペイを利用する場合はメルペイの本人確認が必要だ。
また、合計金額が30万円（税込み）以上の注文には利用できない。さらに、Amazonギフトカードやデジタルコンテンツ、Amazonフレッシュでの注文、Amazon Payの利用などの支払いにも利用できない。