凶悪化する外国人や暴力団などの組織犯罪に対峙（たいじ）するため、警視庁は平成15年4月、全国で初めて、「組織犯罪対策部」を発足させた。容疑者の摘発に加え、複雑化する犯罪集団の組織を解明し、壊滅を目指すことが求められた。
14年には全国の刑法犯認知件数が約285万件と戦後最多を記録していた。組対部の発足式で当時の石川重明警視総監は「首都東京の治安回復の鍵は来日外国人や暴力団による犯罪への対策」と危機感を示した。
発足時の組対部は約940人態勢。庶務にあたる総務課のほか、捜査を担当する組対1～5課、特別捜査隊で構成した。1、2課が密入国や偽装結婚、地下銀行など国際犯罪を担当。3、4課は暴力団を取り締まり、5課は銃器・薬物犯罪の対策にあたった。
「警視庁の総合力で組織犯罪に立ち向かうため、刑事、生活安全、公安の各捜査部門から捜査員が集められた」。立ち上げのために編成されたチームの担当者は当時を振り返る。
同部は令和4年に組織を再編。マネーロンダリング（資金洗浄）の捜査に特化した「犯罪収益対策課」を全国で初めて創設した。
匿名・流動型犯罪グループ（トクリュウ）の実態解明や捜査にも注力。事案ごとにほかの部と共同で「タスクフォース」を立ち上げ、刻々と変わる組織犯罪に最前線で立ち向かっている。（外崎晃彦）