JR西日本によると、9日午前6時51分ごろ、琵琶湖線の膳所（ぜぜ）駅（大津市）を通過中だった上りの貨物列車が線路内に立ち入った人と接触し、停車した。この事故の影響で琵琶湖線やJR京都線、JR神戸線の米原－姫路間で一時運転を見合わせていたが、同日午前8時39分に運転を再開した。利用客ら約12万9千人に影響したとしている。
ただ、JRの他の路線も含めてダイヤに乱れが生じ、運休が計46本、遅れが計134本（最大95分の遅れ）にそれぞれ影響。阪急や阪神、京阪、近鉄、大阪メトロなどとの振り替え輸送も順次実施している。