日立、国立遺伝学研究所のスーパーコンピュータシステムを構築

JCN Newswire / 2012年7月24日 19時29分

新型DNAシーケンサーのビッグデータ解析を加速

Tokyo, July 24, 2012 - (JCN Newswire) - 株式会社日立製作所(執行役社長: 中西 宏明/以下、日立)は、大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所(所長: 小原 雄治/以下、遺伝研)が国際DNAデータベース構築事業を行うためのスーパーコンピュータシステムを構築し、このたび本格稼働を開始しました。

遺伝研は、本システムを活用して、米国・欧州の研究機関などと連携した国際塩基配列データベースの構築と、世界中の研究者に対する公開、研究者が新型DNAシーケンサー*1の出力情報などのビッグデータ解析を加速するためのITリソースの提供を行います。これにより、遺伝研は世界中の研究者による生活習慣病やがんなどの原因解明をはじめ、さまざまな病気の予防、診断、治療に寄与する医学研究や、生物の遺伝学や分子生物学に関わる基礎および応用研究のさらなる発展をサポートしていきます。

遺伝研は、米国立生物工学情報センター(以下、NCBI)により運営されているGenBankおよび、欧州バイオインフォマティクス研究所(以下、EBI)により運営されるEMBL-Bankとの密接な連携のもと、国際塩基配列データベースを構築しています。国際塩基配列データベースは目的や国籍に拘らず閲覧転用できる世界科学の共有財産であり、世界中の研究者はNCBI、EBI、ならびに遺伝研の3つの機関を通じて国際塩基配列データベースに自らの研究データを登録することができます。この国際塩基配列データベースが扱うデータ量は近年爆発的に増加しています。このデータ量増加の背景としては、昨今、ゲノム研究分野での新型DNAシーケンサーの発展が著しく、ヒトゲノムをはじめとした各種生物のゲノム情報の網羅的解析が加速していることがあります。最新の新型DNAシーケンサーでは、断片配列データと呼ばれるDNAの配列を解析単位に断片化したデータが、一回の計測で約60億個(約1.8TB)も生成されます。この新型DNAシーケンサーの登場により、世界中の研究機関で生成される断片配列データ量は爆発的に増加しており、2010年に生成された塩基配列*2の断片データ量はPB(ペタバイト)*3単位となります。さらに、第3世代、第4世代のDNAシーケンサーの発展が予想され今後もデータ量の増加が見込まれます。

このため遺伝研では、スーパーコンピュータシステムを刷新するにあたり、刻々と発生するビックデータの解析を迅速に行うことができるDNA解析計算速度と、ビックデータを迅速に扱えるデータストレージなどのシステム環境を求めていました。また、消費電力の削減も実現したいという希望を持っていました。

日立は、これまでのゲノム分野でのスーパーコンピュータシステムの構築を含めた、さまざまなライフサイエンス関連のシステムでの構築、運用などで培ったノウハウを活用し、DNAシーケンサーから発生するビッグデータの解析を可能とするだけでなく、これまでより省電力で効率的なゲノム解析を実現するスーパーコンピュータシステムを構築しました。

なお遺伝研は2014年に、今回導入したシステムと同等規模以上のシステム増強を予定しています。

本リリースの詳細は下記URLをご参照ください。
http://www.hitachi.co.jp/New/cnews/month/2012/07/0724.html

用語説明
*1 新型DNAシーケンサー:化学処理したDNAサンプルに対して様々な分析処理を行うことで、DNAの塩基配列を自動的に読み取る装置。
*2 塩基配列:核酸を構成する塩基部分の配列
*3 PB(ペタバイト):約1,000兆バイト

株式会社 日立製作所

詳細は www.hitachi.co.jp をご参照ください。



Source: 株式会社 日立製作所Copyright 2012 JCN Newswire. All rights reserved.

jcn

トピックスRSS

ランキング