確定申告で13万円の「医療費控除」申請をしたのに、納税通知書を見ると控除額が少なかった…なぜでしょうか？

自分や家族の1年間の医療費が一定額を超えた場合、確定申告することで税金が戻ってくることがあります。このとき「納税通知書を見ると実際に申告した金額よりも控除額が少ない」と疑問に思うこともあるかもしれません。   医療費控除の申告をすると支払った医療費がそのまま還付されるイメージがあるかもしれませんが、実際には課税対象の所得から控除される形になります。控除の仕組みについて詳しく確認しておいた方がいいでしょう。   本記事では、医療費控除額が少なくなる仕組みやどのような医療費が控除の対象になるのかについて、計算方法とともにご紹介します。

医療費控除とは？

医療費控除とは、自分自身、または自分と同一生計の配偶者や親族のために支払った医療費が一定額を超えた場合に所得控除を受けられることです。国税庁によると、控除の対象となるのは1月1日から12月31日までに支払った医療費で、具体的には以下のようなものが含まれます。

・医師、歯科医師による診療や治療の対価
・治療のためのあん摩マッサージ指圧師、播氏、休止、柔道整復師などによる施術の対価
・助産師による分べんの介助の対価
・医師等による一定の特定保健指導の対価
・介護福祉士等による喀痰吸引等の対価
・保健視野看護師、准看護師による療養上の世話の対価

など

容姿の美化を目的とした整形手術の費用や健康診断の費用、公共交通機関が利用できない場合を除くタクシーの代などは含まれないため、注意が必要です。医療費控除を受けるためには、明細書や医療保険者が発行した医療費通知などを書類に添付したうえで確定申告を行う必要があります。
 

医療費控除額の計算方法

実際に支払った医療費から保険金などで補てんされる金額を差し引いたものから、10万円または所得金額の5％（どちらか少ない額）を差し引いたものが医療費控除額となります。
 
保険金などで補てんされる費用には、生命保険契約により支給される入院費給付金や、健康保険で支給される高額療養費、家族療養費、出産育児一時金などがあります。また、控除額は最高で200万円となります。
 

納税通知書の控除額が少なくなる理由は？

医療費控除は所得税や住民税の所得控除の一つであるため、申告することで翌年度の住民税の税率が変わってきます。住民税は賦課徴収方式といって、市が収集した資料を基にして課税額を決定しています。具体的には以下のような書類が参考書類となるようです。

・勤務先から送られてくる給与支払報告書
・支払先から送られてくる年金支払報告書
・確定申告書
・市民税および県民税申告書

もし、確定申告で申告漏れの給与や年金があることが確認できた場合は、税額の計算をあらためて行うことになります。医療費控除額を所得の5％で計算している場合、所得が変更されることにより5％の数値も変わることになるため、納税通知書の控除額が少なくなることもあると考えられます。
 

確定申告で申告漏れがあった場合などは医療費の控除額が少なくなることもある

1年間に支払った医療費が一定額を超えた場合、確定申告を行うことで所得控除を受けられる可能性があります。控除の対象となるのは治療費や薬の購入費用などがあげられるため、内容を確認しておくといいでしょう。
 
控除額は「その年に支払った医療費－保険金などで補てんされる金額－10万円または所得金額の5％」で計算します。確定申告で申告漏れがあることが確認できた場合などは税額の計算をし直すことになるため、所得の変更によって「所得金額の5％」の数値も変わることがあります。
 
今回の事例のように「13万円の医療費控除申請をしたのに納税通知書を見ると控除額が少なかった」というときは、そのような理由が考えられるでしょう。
 

出典

国税庁 パンフレット「暮らしの税情報」（令和6年度版）医療費を支払ったとき
 
執筆者：FINANCIAL FIELD編集部
ファイナンシャルプランナー